Cortile
Il muro di fondo ospita nel nicchione centrale una grande fontana con una colossale statua di divinità fluviale, il cosiddetto Marforio.
Le tre grandi colonne di granito grigio, con fregio a rilievo di sacerdoti egizi, provengono dal santuario di Iside e Serapide nel Campo Marzio.
Il cortile si apre scenograficamente con la fontana di Marforio, opera romana del II secolo d.C., utilizzata durante il Rinascimento per affiggervi le cosiddette “pasquinate”, composizioni ironico-satiriche indirizzate prevalentemente contro il governo pontificio. La statua, il cui nome viene fatto tradizionalmente derivare da Martis Forum (Foro di Marte), era già nota nel Medioevo, quando fu descritta e disegnata nei pressi dell’arco di Settimio Severo, nel Foro Romano, e giunse in Campidoglio nel 1594.
La parete retrostante, sistemata come facciata monumentale, reca inserite entro nicchie le due statue di Satiri della Collezione Della Valle, originariamente destinate alla decorazione architettonica del teatro di Pompeo.
In alto è posta l’ epigrafe relativa alla fondazione del Museo nel 1734 e alla realizzazione della fontana, sormontata dal ritratto del pontefice promotore Clemente XII.
Nello spazio del cortile sono sistemate le colonne di granito decorate a rilievo con scene egittizzanti, provenienti dal grande tempio di Iside nel Campo Marzio.